A belső vizsgálat megállapította, hogy a kórház belső szabályzatai megszűnt intézeteket, intézményeket és jogviszonyokat tartalmaznak. A patológiai osztály működésére vonatkozó előírások hiányosak, többségükben hatálytalanok. Az elhunytak regisztrálása egy kézzel vezetett, bizonytalan adatokat tartalmazó naplóban történt, a holttestek beérkezésének és elszállításának dátumát nem tüntették fel. A boncolások ütemezetlenül történtek, azok időpontjáról az érintett fekvőbeteg osztályok tájékoztatást nem kaptak. A boncteremben két, a halotti jegyzékben nem szereplő holttestet, és emberi szerveket őriztek engedély nélkül. A boncterem tisztasága az egészségügyi követelményeknek nem felelt meg.

A belső vizsgálat megállapította azt is, hogy a kórház korábbi vezetése előtt a halottkezeléssel kapcsolatos problémák ismertek voltak, azonban azok kiküszöbölésére intézkedést nem tettek.

A Budapesti Péterfy Sándor Utcai Kórház-Rendelőintézet a belső vizsgálat teljes dokumentációját megküldte a Készenléti Rendőrség Nemzeti Nyomozó Irodának.